生物安全柜、通風柜和超凈工作臺是食品實驗室常見的操作設備，雖然表面上看起來似乎結構和外觀有類似的地方，然而事實上這是三類不同功能的設備，因此在實驗室建設中需要明確了解生物安全柜與通風柜、超凈工作臺的區分。
首先我們要明確，通風柜和超凈工作臺不屬于生物安全柜，不可使用在涉及感染性病原微生物材料的實驗或生產過程中。
生物安全柜是為操作菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護工作人員、實驗室環境以及實驗品安全，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。世界衛生組織（WHO）出版的《實驗室生物安全手冊》中明確說明：“生物安全柜可以有效減少由于氣溶膠暴露所造成的實驗室感染以及培養物交叉污染，生物安全柜同時也能保護工作環境”。當然，安全柜有效工作的前提是選購合格的安全柜和正確使用安全柜。
現行有效的國家標準《食品微生物學檢驗 總則（GB 4789.1-2010）》規定病原微生物分離鑒定工作應在二級生物安全實驗室（BSL-2）中進行，而《實驗室 生物安全通用要求(GB 19489-2008)》在二級生物安全實驗室的定義中也對生物安全柜做了明確的要求。因此，生物安全柜成為開展食品病原微生物檢驗的必要設備之一。
通風柜（通風櫥）是為在化學實驗過程中清除腐蝕性化學氣體和有毒煙霧而設計的。由于沒有裝備HEPA過濾器，通風柜不能有效清除微生物介質。放置在通風柜內微生物樣品會散播到柜外，污染實驗室環境。
超凈工作臺是為了保護試驗品或產品而設計的，通過吹過工作區域的垂直或水平層流空氣防止試驗品或產品受到工作區域外粉塵或細菌的污染。一旦感染性病原微生物樣品放置于工作區域，層流空氣將把帶有此類微生物介質的空氣吹向前臺工作人員而產生危險。因此適合于非病原微生物的接種、分離。
生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護工作人員、實驗室環境以及實驗品，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。其目的是保護實驗過程、操作人員及環境免受危害。通風柜和超凈工作臺不屬于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的實驗或生產過程中。
生物安全柜的選擇最基本取決于生物試驗中所使用的試驗品類型：
1、如果生物試驗中涉及了微生物樣品和微量化學試劑（非腐蝕性），使用裝備外排管道的安全柜是必要的。因為HEPA過濾器并不能有效過濾清除化學氣體，如果不能外排，將對實驗室內工作人員和環境造成威脅；
2、如果生物試驗中涉及了細胞毒素類藥物，例如各類癌癥治療藥物，必須使用的細胞毒素安全柜；
3、如果生物試驗中只涉及微生物樣品，可以使用基本類型的生物安全柜。
